Publikace Aplikovaná hydrobiologie se zabývá vlivem lidské činnosti na biologii a ekologii vodních recipientů. Také se věnuje metodikám využití znalostí z biologie a ekologie vodních organismů a procesů ve vodním prostředí k indikaci vlivu antropogenních zásahů, případně ke stanovení, predikci (modelování) původního ekologického stavu.